自體干細胞是來自同一患者的細胞，同種異體干細胞是捐贈的細胞（臍帶血、羊膜、胎盤或牙髓) 而不是來自患者自己。

對于大多數退行性疾病，自體細胞不如增強的同種異體細胞有效。來自脂肪組織和骨髓的細胞是優勢，因為它們具有免疫特權，但同種異體間充質細胞也可以逃避受體免疫系統，因為這些細胞不表達MHCII類受體并且表達非常低水平的I類MHC受體。

自體脂肪干細胞和內皮祖細胞的問題在于它們很弱并且容易受到正常年齡和/或疾病相關變化的影響，并且在骨髓（產生它們的地方）中迅速減少。盡管我們能夠區分、培養和保存較舊的間充質細胞，但與新鮮的同種異體細胞相比，它們通常要弱得多。

來自年輕患者的間充質干細胞比來自老年患者的自體“脂肪”或骨髓細胞具有更大的再生能力。自體干細胞在不能使用同種異體“捐贈”細胞的美容干細胞治療中仍然發揮著至關重要的作用。

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